Ô nhiễm do nước thải tại các cơ sở chế biến thuỷ sản gồm nước thải sản xuất và nước thải sinh hoạt:
Nước thải sản xuất: sinh ra trong quá trình chế biến và nước vệ sinh nhà xưởng, máy móc, thiết bị,… Thành phần nước thải có chứa các chất hữu cơ, các chất rắn lơ lửng, các chất cặn bã, vi sinh vật...