Trải qua nhiều phiên bản, hệ thống chiến đấu của dòng game Hyperdimension Neptunia đã dần được hoàn thiện. Hyperdimension Neptunia Re;Birth3 V Generation mang đến một số cơ chế mới, song về cơ bản vẫn giữ vững những đặc điểm của các phiên bản tiền nhiệm.
Hệ thống chiến đấu trong Hyperdimension Neptunia Re;Birth3 V Generation mang những đặc điểm của thể loại game nhập vai theo lượt, các nhân vật có thể di chuyển và tấn công trong một vùng nhất định vào mỗi lượt đi của mình. Các đòn tấn công của game được chia làm 3 loại chính: Rush – tấn công liên hoàn, Attack – gây sát thương lớn và Break – phá vỡ giáp của kẻ địch.
Ngoài các đòn đánh thông thường, mỗi nhân vật sẽ có một số tuyệt chiêu của riêng mình.
