"Mật mã Lyoko" kể về một nhóm gồm năm học sinh trường trung học cơ sở Kadic, đó là Aelita Stone, Jeremy Belpois, Ulrich Stern, Yumi Ishiyama và Odd Della Robbia. Những học sinh này du hành tới thế giới ảo Lyoko - thế giới trong một siêu máy tính đặt trong tầng hầm của một nhà máy bị bỏ hoang gần...